前処置で麻酔が十分なされていれば挿入時の苦痛は、ごく軽度です。
また、胃粘液除去が十分であれば検査時間も短く済みます。
咽頭観察後、スコープを食道に挿入。その後、胃～十二指腸をくまなく観察します。観察時に色調の変化、凹凸などがあれば近接 IEE(image enhanced endoscopy)で病変の拡大観察を行います。必要に応じて色素散布観察、組織検査、ピロリ菌の有無などを検査します。